Fazem parte desse Reino todos os seres unicelulares, procariontes, embora difiram morfologicamente; encontra-se divido em 2 grupos ou 2 sub-reinos: Arqueobactérias (Archaea) e Eubactérias.
As Arqueobactérias apresentam parede celular formada por polissacarídeos, proteínas ou glicoproteínas, não apresentando peptideoglicanas, estas aparecem nas Eubactérias; são, na maioria, autótrofas quimiossintetizantes. Atualmente, reconhece-se a existência de 4 tipos principais de Archaeas: Metanogênicas, Halófilas, Sulforredutoras e Termoacidófilas , sendo essa classificação feita de acordo com a forma de obtenção de energia e o meio no qual se encontram.
Metanogênicas: são produtoras de metano; anaeróbias; encontradas no sistema digestório dos ruminantes( onde auxiliam na digestão da celulose), em pântanos, nos sedimentos do fundo de lagos e mares, e próximos a fendas vulcânicas.
Halófilas: são, na maioria, aeróbias e fotossintetizantes, apresentando , muitos dessa espécie, um pigmento denominado bacteriorodopsina. Encontradas em locais onde o teor de salinidade é elevado e pH alcalino.
Sulforredutoras: são redutoras de sulfato; anaeróbias; e podem ser encontradas em poças próximas a fendas vulcânicas.
Termoacidófilas: quase sempre são anaeróbias, realizam a oxidação de compostos sulfurosos; dão preferência a ambientes extremamente ácidos.
As metanogênicas, as sulforredutoras e as tremoacidófilas são capazes de suportar temperaturas elevadas.
Os organimos capazes de se adaptarem a condições extremas como: alta temperatura, pressão, pH, escassez de água,..., são chamados de extremófilos.
As Eubactérias apresentam parede celular formada por peptideoglicanas; o material genético, por ser procariota, é representado por um único filamento de DNA em anel, localizado numa região chamada de nucleoide, além disso possui plasmidios (pequenos anéis de DNA dispersos no citoplasma) e muitos ribossomos.
Na região média da célula encontramos uma "prega" filamentar da membrana plasmática que é chamada de mesossomo. O mesossomo participa da separação do material genético na reprodução por bipartição.
Além da parede celular, muitas espécies de eubactérias apresentam uma membrana externa constituída por uma mistura de polissacarídeos e fosfolipídios, algumas apresentam ainda um cápsula, que reveste a células e tem funções variadas como proteção a célula e aderência ao substrato.
Essa diferença na parede celular das eubactérias, como a maior ou menor quantidade de peptídeoglicanas e a presença ou não da cápsula, faz com que as eubactérias reajam de forma diferente ao método Gram.
As bactérias Gram positivas ficam violetas, já as Gram negativas adquirem a cor avermelhada com esse método. Isso é de grande utilidade para os médicos na hora de prescrever o tratamento mais adequado.
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